نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاه‌ها حسب عنايت و دستور رهبر معظم انقلاب حضرت آيت‌الله خامنه‌اي (مدظله‌العالي) با هدفي متعالي و در راستاي ايجاد دانشگاه مؤمن و متعبد به هدايت الهي و در راستاي تبيين ارزش‌هاي اسلامي و تعميق آگاهي‌هاي ديني و اعتقادي دانشجويان و دانشگاهيان و بر اساس مصوبة اسفندماه سال 1372 شوراي عالي انقلاب فرهنگي مبني بر ايجاد سازماني جديد براي تحقق منويات معظم‌له، بر اساس اهداف و وظايف مصرح در اساسنامه، تشكيل گرديد. توسعه فرهنگی، فضیلت گرایی اخلاقی، اعتدال، اسلامیت و عقلانیت از مهم ترین دغدغه های نهاد مي‌باشد.
بر همين اساس نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاه‌ها با اهتمام و جديت تمام نسبت به برنامه‌ريزي و ايجاد هماهنگي و ارتباط با نهادها و تشكل‌هاي دانشگاهي، اقدام نموده و در جهت ايجاد ارتباط با اساتيد و نيروهاي فرهنگي و مذهبي دانشگاه گام‌هاي مؤثري برداشته است.
از جمله فعالیت‌های این نهاد می‌توان به موارد زیر اشاره نمود:
اقامه نماز در دانشگاه
فعالیت های قرآنی
مراسم اعتکاف
ضیافت اندیشه استادان
ضیافت اندیشه دانشجویی
عمره و عتبات دانشجویی
ازدواج دانشجویی
جشنواره نهج البلاغه، صحیفه سجادیه و حکمت مطهر
کرسی آزاد اندیشی استادان
کرسی ازاد اندیشی دانشجویی
مشاوره و پاسخگویی به سوالات دانشجویان
هدایت و حمایت از تشکل ها
حمایت از هیئت های دانشجویی
برگزاری جلسات وفاق تشکلها
برگزاری جلسات نقد فیلم
حوزه علوم اسلامی دانشگاهیان
تهیه و توزیع محصولات فرهنگی
برگزاری نمایشگاه های تصویری